Alianza Lima
Paolo Guerrero inició su carrera en el fútbol en las divisiones menores de Alianza Lima,1 club al cual llegó a los siete años.2 Fue ascendido al primer equipo en 2001 junto a Jefferson Farfán, aunque a diferencia de éste, nunca jugó un partido oficial con camiseta blanquiazul. Al año siguiente, jugó algunos minutos en la Copa El Gráfico ante Peñarol. Finalmente, durante su última etapa en Alianza apareció en banca en algunos partidos de Copa Libertadores.
Bayern Múnich
Poco tiempo después, fue fichado por el Bayern Múnich de Alemania, integrándose a las divisiones menores del club. Esta contratación derivó en un conflicto entre Alianza y el Bayern. El caso fue elevado hasta la FIFA, la cual decidió que el club alemán sólo pague por derechos de formación ya que, si bien Guerrero tenía contrato con Alianza, éste no era de carácter profesional. Una vez solucionado el problema, Guerrero empezó a jugar con el Bayern Múnich II en la Regionalliga Sur, que en ese entonces era la tercera división del fútbol alemán.
A nivel de equipos, disputó su primer partido con el equipo profesional del Bayern el 23 de octubre de 2004 ante el Hansa Rostock,2 mientras que su primer gol en la Bundesliga lo anotó ante el Hannover 96. En total, Guerrero se mantuvo cuatro temporadas en el Bayern Múnich, alternando las dos últimas en el primer equipo, el mismo con el que llegó a anotar diez goles en Bundesliga y dos en UEFA Champions League.
En junio de 2006 abandonó la disciplina del Bayern Múnich. Su destino fue el Hamburgo, club con el cual firmó un contrato por cuatro años.
Hamburgo
Guerrero se unió al Hamburgo en 2006 procedente del Bayern Munich. El 23 de octubre de 2006 marcó sus primeros dos goles con su nueva camiseta.
En abril de 2010 el depredador recibió una multa del club por un incidente al final de un partido de liga con el Hannover 96, donde al parecer después de haber sido insultado por un fan del Hamburgo, Guerrero le lanzó una botella de agua golpeándolo en el rostro.3 La Federación Alemana de Fútbol suspendió a Guerrero por cinco partidos de liga y lo multó con 20.000 €.
En la fecha 24 de la Bundesliga 2011/12, Guerrero le propinó una patada descomunal al portero del Stuttgart, Sven Ulreich. El delantero corrió hasta la posición que se encontraba el arquero —esquina del córner— y, cuando este se encontraba de espaldas, le propinó un “planchazo” con los estoperoles en alto que le costó la expulsión inmediata. A raíz de esto, el tribunal de disciplina de la liga germana lo multó con ocho fechas de suspensión.
Corinthians
En julio de 2012, Paolo Guerrero fichó por el club brasileño Corinthians por 3 años. El 16 de diciembre del 2012 se corona campeón del Mundial de Clubes FIFA, anotando el único gol del encuentro y que le da la victoria frente al Chelsea FC de Inglaterra, campeón de la UEFA Champions League.
Hinchas del "timao"agradecen.
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El gol del 9
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la huacha(túnel) a Gary Cahill.