Barnsley
Stones llegó al primer equipo del Barnsley en diciembre de 2011. Hizo su debut profesional en la Championship el 17 de marzo de 2012 en una derrota contra el Reading por 0-4, sustituyendo a Scott Wiseman a los 52 minutos. Marcó su primer gol en su primer partido como titular en el Barnsley en un partido de la Capital One Cup. Una semana después salió por primera vez de titular en la liga con victoria por 1-0 contra el Middlesbrough.
Everton
Stones firmó un contrato de 5 años y medio de duración con el Everton el 31 de enero de 2013, el coste del fichaje fue de unos 4 millones de euros. Durante su primer medio año, fue suplente habitual sin llegar a debutar. El 28 de agosto de 2013 hizo su debut oficial con el Everton en un partido contra el Stevenage de la Capital One Cup. El 7 de agosto de 2014 firma un nuevo contrato que lo vincula con el Everton hasta 2019. Anotó su primer gol en la victoria del Everton contra el Manchester City por 3-0 el 26 de abril de 2015. En el verano de 2015, Stones fue claro objetivo del Chelsea, ofreciendo hasta 40 millones de euros por él, no obstante, todas las ofertas fueron rechazadas por el Everton.
